Jajka w muffinach wiążą składniki i utrwalają miękisz. Pomagają też połączyć tłuszcz z płynem, dzięki czemu ciasto piecze się równiej i nie rozpada po wyjęciu z papilotki.
Za dużo jajek może dać sprężysty, lekko gumowaty środek. Zbyt mała ilość sprawia natomiast, że muffiny łatwiej się kruszą i szybciej wysychają. Przy około 250 g mąki jedno duże albo dwa mniejsze jajka są zazwyczaj rozsądnym zakresem, zależnie od pozostałych płynów.
Muffiny bez jajek są możliwe, ale składnika nie należy usuwać bez żadnej korekty. Przy wilgotnym cieście dobrze działa puree bananowe lub jabłkowe, chociaż zmienia smak. Neutralniejszy będzie jogurt połączony z niewielką ilością skrobi.
Niezależnie od wariantu ciasto mieszam tylko do połączenia mąki z płynem. Długie mieszanie bardziej szkodzi delikatności muffinów niż drobne grudki pozostawione w masie.